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Date
publié le 13/01/2026
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Tout ce qu’il faut savoir sur le congé de maladie ordinaire au Département
En tant que collaborateur du Département, que vous soyez fonctionnaire ou contractuel, vous pouvez bénéficier du Congé de Maladie Ordinaire (CMO). Ce congé vous permet de vous absenter temporairement de votre poste lorsque votre état de santé l’exige, tout en continuant à percevoir un pourcentage de votre rémunération et en conservant vos droits. Cet article fait le point pour vous sur le congé de maladie ordinaire au sein du Département : son fonctionnement, ses conditions, ses modalités et ses impacts, afin de vous accompagner au mieux.

Tout collaborateur est de droit placé en congé de maladie ordinaire en cas de maladie dûment constatée par un médecin le mettant dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions.

Qui devez-vous prévenir ?

Vous devez adresser dans les 48 heures votre certificat d’arrêt de travail initial ou de prolongation à la Direction des Ressources Humaines via Mon Portail RH et en tenir informé votre manager et votre référent « calculette ».

  • Si vous êtes titulaire, vous devez transmettre le volet 2 de l’arrêt de travail à la DRH et conserver les volets 1 et 3.
  • Si vous êtes contractuel, vous devez adresser sous 48 heures :
    – les volets 1 et 2 de l’arrêt de travail à la Caisse d’Assurance Maladie dont vous dépendez (si la télétransmission de ces volets n’a pas été effectuée par votre médecin traitant) ;
    – le volet 3 de l’arrêt de travail à la DRH.

Toute prolongation d’arrêt de travail doit également être signalée et envoyée sous 48h.
En cas d’hospitalisation, si vous ne disposez que d’un bulletin de situation, adressez celui-ci à la DRH et prévenez (ou faites prévenir) votre manager sous 48 heures. Cet envoi est à renouveler en cas de prolongation de l’hospitalisation.

Fin du congé ?

La durée maximale du congé de maladie ordinaire est d’un an sur une période de 12 mois consécutifs.

Au-delà de 6 mois consécutifs de congé de maladie, une visite de contrôle doit avoir lieu au moins une fois.

Quelles sont les conséquences de la maladie ordinaire sur la rémunération ?

Que vous soyez fonctionnaire ou contractuel, chaque arrêt de travail fait l’objet d’un jour de carence, ce qui signifie que vous n’êtes pas rémunéré pour la journée carencée.

Si vous êtes fonctionnaire, vous bénéficiez de 90 % de votre traitement pendant les 3 premiers mois. Ce dernier est ensuite maintenu à demi-traitement les 9 mois suivants.

Si vous êtes contractuel justifiant de moins de 4 mois d’ancienneté, vous ne bénéficiez pas de droits statutaires mais percevrez les indemnités journalières de la CPAM après un délai de carence de 3 jours, si vous réunissez les conditions d’octroi.
Au-delà de 4 mois d’ancienneté, pendant votre congé de maladie ordinaire, vous avez droit à des indemnités journalières pour maladie de la Sécurité sociale après un délai de carence de 3 jours à chaque arrêt de travail, mais également et sous déduction des indemnités journalières :

  • après 4 mois de services, 1 mois à 90 % de votre traitement et 1 mois à demi-traitement ;
  • après 2 ans de services, 2 mois à 90 % de votre traitement et 2 mois à demi-traitement ;
  • après 3 ans de services, 3 mois à 90 % de votre traitement et 3 mois à demi-traitement.

Lorsque les périodes de rémunération à 90 % ou 50 % sont épuisées, vous ne percevez plus que les indemnités journalières pour maladie de la Sécurité sociale si vous remplissez les conditions pour en bénéficier.

Le décompte des indemnités journalières de la Sécurité sociale est à adresser, dès réception, à la DRH via Mon Portail RH.

Concernant les autres éléments de rémunération :

  • supplément familial de traitement (SFT) et indemnité de résidence : ces éléments seront toujours versés en intégralité ;
  • régime indemnitaire : notre délibération relative au RIFSEEP prévoit que le régime indemnitaire suit le sort du traitement en cas de congé de maladie ordinaire. Ainsi, l’indemnité de fonctions, de sujétions et d’expertise (IFSE) sera réduite à 90 % en cas de congé de maladie ordinaire ;
  • autres éléments de rémunération : toute prime ou indemnité calculée en fonction du traitement se trouvera impactée. Certains éléments de rémunération, tels que la NBI (Nouvelle Bonification Indiciaire) et le CTI (Complément de Traitement Indiciaire), seront également versés à 90 % pendant les 3 premiers mois du congé.

Tous les arrêts connus à la date du traitement de la paie (en général vers le 6 du mois) sont pris en compte au réel sur la paie en cours. A défaut, ils seront pris en compte sur le mois suivant.

Bon à savoir : vous avez la possibilité de bénéficier d’une protection sociale complémentaire pour la prévoyance négociée par le Département avec la Mutuelle Nationale Territoriale (MNT), notamment en cas d’incapacité de travail. Pour en savoir plus, consultez la page « Mes avantages » de votre Espace RH.

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